Anh trai của cô, Lando Ndasingwa, là bộ trưởng Tutsi duy nhất trong chính phủ Habyarimana cuối cùng, nhưng đã bị giết vào đầu cuộc diệt chủng năm 1994.[22] Chị gái của cô, Anne-Marie Kantengwa, đã tiếp quản công việc quản lý khách sạn và nhà hàng của anh trai họ, Chez Lando, sau khi anh bị giết. Mushikiwabo cũng là cháu gái của học giả và linh mục nổi tiếng người Rwandan, là Alexis Kagame.[4]